Состав Правления Ассоциации утверждается общим голосованием каждые три года. Изменение состава Правления Ассоциации в пределах 20% от общего количества его членов производится Правлением самостоятельно. На первом заседании Правления Ассоциации выбирается председатель Правления, заместитель председателя и секретарь по результатам открытого голосования. Решением принимается простым большинством голосов.

К компетенции Правления Ассоциации относится:

• разработка планов деятельности Ассоциации, принятие решений о порядке и сроках реализации приоритетных направлений деятельности Ассоциации;
• утверждение перечня вопросов, выносимых на общее голосование Участников Ассоциации;
• утверждение состава делегации Ассоциации для представления Ассоциации на международных, всероссийских и межрегиональных мероприятиях, связанных с организацией сотрудничества;
• представление интересов Ассоциации во взаимоотношениях с органами государственной власти, органами местного самоуправления средствами массовой информации, международными организациями, юридическими и физическими лицами;
• формирование по мере необходимости экспертных групп из числа Участников Ассоциации и привлеченных лиц для разрешения конфликтных ситуаций, для формирования квалифицированного мнения по специализированным вопросам;
• принятие решения об участии в проектах Участников Ассоциации, разработка концепций и проектов (программ развития) с участием привлеченных экспертов;
• принятие решения об исключении Участника Ассоциации из соглашения;
• обеспечение Участников Ассоциации по их запросу информацией о ходе общих дел.

Действующий состав Правления избран на заседании 26.12.2013 года. Количество членов Правления 15 человек.

Председатель Правления:

Шпиленок Тихон Игоревич – директор Кроноцкого заповедника

Секретарь Правления:

Бакирова Рафиля Талгатовна – директор Оренбургского заповедника

Члены Правления:

Воронин Фёдор Николаевич – директор национального парка «Лосиный остров»

1. Гришенков Виктор Анатольевич – директор национального парка «Угра»
2. Горшков Дмитрий Юрьевич – директор Сихотэ-Алинского заповедника
3. Горшков Юрий Александрович – директор Волжско-Камского заповедника
4. Ершов Роман Викторович – директор национального парка «Русская Артика»
5. Киселев Геннадий Викторович – директор заповедника «Саяно-Шушенский»
6. Кузнецова Анастасия Владимировна – директор заповедника «Командорский»
7. Непомнящий Виктор Владимирович – директор заповедника «Хакасский»
8. Никитенков Александр Николаевич – директор заповедника «Брянский лес»
9. Пеньковский Николай Дмитриевич – директор Сочинского национального парка
10. Ручин Александр Борисович – директор Мордовского заповедника
11. Сутула Василий Иванович – директор Байкальского заповедника
12. Щербаков Вячеслав Михайлович – директор заповедника «Столбы»